亨利、丹妮和巴伦连夜乘坐飞机回佐治亚，克雷的老巢。刚下飞机，亨利就觉得自己的脖颈刺痛。是小克发射的飞镖，飞镖上沾有蜂毒。亨利马上出现过敏症状，喉咙肿胀，无法呼吸。小克终于明白了，亨利没有骗人。说谎的是他视为养父的克雷，自己的生活就是谎言。小克为亨利注射了解药，缓解症状。巴伦忍不住想问问，小克为何总能找到他们。原来答案就在亨利的手臂里，三年前手术时，暗中与双子合作的国情局植入了追踪芯片。
小克同意带三人去找克雷。路上，小克问起父母，还有小时候的事。了解亨利，也就是了解自己的身世。就在快接近双子集团大楼时，小克接到克雷的电话。克雷已经知道小克与亨利在一起，命他立刻离开。小克还没明白克雷的用意，手上打方向盘右转，这才看到前方有埋伏，一枚火箭弹飞了过来。
前排的小克、亨利和后排的丹妮跳下车，开了整晚飞机，正合眼小憩的巴伦不幸丧身火海。亨利和丹妮躲进路边的店铺，另一侧的小克知道父亲克雷一定在附近指挥。他三步并做两步攀爬上屋顶，看到克雷正向警方通报，要求警方撤离警车，不要妨碍清剿恐怖份子的行动。小克顿生怒火，打晕克雷。他不想杀克雷，更不想成为这种懦夫偷袭行为的帮凶。
店铺被双子武装的大火力武器射得千疮百孔，亨利和丹妮还要对付武装到牙齿的特种兵。进店搜查的特种兵被干掉大半，可子弹已所剩无已，再硬扛下去，只有死路一条。小克赶到，击倒剩余特种兵。三人却都没料到，还有最后一人潜伏在屋顶，突袭偷袭。
三人合力对付这个从头到脚都罩在特制防弹战服中的家伙，子弹打不进，火又烧不了。亨利将其撩倒后，小克开枪击中其胸口。那人向后跌倒，复又站了起来。小克近距离连开数枪，那人终于仰面倒在地上。亨利取下他的防弹头盔，愕然看到另一个更年青的自己。只见他双眼无神，即使胸口肋骨粉碎，奄奄一息，仍挣扎着想起身杀敌。丹妮心生寒意，他就是克雷培养出的超级士兵。
克雷出现了，还在为自己的行为辩解。如果军队里个个都如亨利那样优秀，就不会再有战友被抬着送出战场，更多家庭得以保全。克雷将克隆人视为工具，毫无人性可言。亨利拦下小克指向克雷的枪，一旦开枪，小克的灵魂就不会再完整。除掉克雷的工作，还是要由亨利来完成。
双子实验室被查封，克隆项目关闭，珍妮特也将被起诉。亲手杀了克雷之后，亨利的睡眠好了许多。过了六个月，亨利到学院恭喜即将晋升的丹妮。丹妮现在的工作是监视保护在此就读的小克，看来他还很受女同学欢迎。亨利带来了小克的全套身份证件，今后他就叫杰克逊。
