在尼比鲁星，当地火山即将喷发，一旦喷发，整个星球将毁于一旦，当地人必死无疑。柯克偷走当地土著圣图，一路被追赶。史派克带着凝结火山的武器下到火山下面，柯克冒着全舰灭亡的风险救下史派克。回到星际联邦总部，柯克被派克将军一顿猛批，取缔了柯克舰长的职务，这是上层要求的，史派克也被调走。

伦敦一家图书馆被炸，死了几十人，这里是星际联邦的秘密分部。星际联邦召开领导层会议，派克还是力挺柯克，把他留在身边，一同参会。就在会议上，该事件的始作俑者约翰•哈里森攻击了星际联邦高层，派克将军去世。斯派克将军任命柯克再次成为进取号船长，复原史派克大副职务，命令柯克带着星际联邦的鱼雷炸弹攻击哈里森，并把他抓回来。

在荒无人烟的星球，柯克带着史派克抓捕哈里森，可是被林贡人攻击，哈里森竟然帮助柯克打退林贡人。就这样，柯克带回了哈里森，从哈里森这里柯克得知了他的故事，原来他是300年前的人类，休眠被将军唤醒，哈里森身体素质极强，作战能力强悍，智商极高，他的战友们被他装在了鱼雷炸弹里面，原来将军才是真正的幕后黑手。

就在这时，将军开着无敌战舰来到了进取号这里，要求柯克交出哈里森，柯克不答应，要把哈里森交给联邦法庭。将军的无敌战舰攻击了进取号，还好斯科特延缓了无敌战舰攻击时间。柯克和哈里森联合起来，一起攻进无敌战舰，哈里森竟然把将军杀了。果然是大狠人，哈里森立马要求史派克把他的战友传送过来，一场大战又不可避免。史派克用假鱼雷和哈里森交换，柯克等人被救回。史派克狠狠攻击了无敌战舰，哈里森逃跑。柯克又把哈里森抓了回来，给他和他战友无限期休眠。