可汗用自己的血救了一个高级特工的女儿的性命，然后命令他炸掉了档案馆。这个档案馆其实是联邦星舰用于防御战略部署、训练士兵和收集所有对舰队有威胁的情报的地方。

马科斯上将集合联邦各星舰的舰长和大副，召开紧急会议。可汗驾驶一艘穿梭机扫射了会议厅，派克舰长因此丧命。

可汗使用便携式超曲速传送装置，逃到了克林贡人的母星克隆那斯的一个无人区。柯克请求抓捕可汗，马科斯上将让他携带72颗新型光子鱼雷，驾驶进取号去消灭可汗。

柯克没有选择发射鱼雷，而是直接抓捕了可汗。可汗告诉柯克一个坐标23.17.46.11，柯克派斯科特前去查看，斯科特趁机进入了无畏级战舰。

进取号的曲速核突然发生故障，既不能开火也不能撤离。马科斯驾驶无畏级战舰出现，要求柯克交出可汗。柯克不同意，马科斯便开火攻击进取号。小科从内部让他们的武器熄火了，并打开货舱门，柯克和可汗从进取号飞进了无畏级战舰。

可汗用双手挤爆了马科斯上将的脑袋，并占领了无畏级战舰，要求斯波克归还72颗鱼雷。“老骨头”拆开鱼雷，取出可汗的72名船员，然后鱼雷被传送至无畏级战舰。

可汗对进取号发起攻击，进取号的电力网和后备电力网受损，失去了动力。由于受到了地球引力的影响，进取号的重力系统失灵，即将进入大气层面临烧毁的危险。

最后，柯克进入曲速核内部，用身体激活了曲速核。进取号脱离了危险，但柯克却因为核辐射倒下了。“老骨头”从可汗的超级血液中提取血清，救活了柯克。同时可汗被冰冻了。

进取号的誓词：探索未知的新世界，找寻新的生命和新的文明。