影片讲述了聂小倩、燕赤霞和宁采臣之间的感情纠葛以及猎妖师夏雪风雷和千年树妖之间的恩恩怨怨。

年轻的燕赤霞立志要成为一个优秀的猎妖师，他选择黑山作为他修行和圆梦之旅的起点。黑山里有很多古老的精灵妖怪，它们过着原始的生活，粗糙简单却充满杀戮气息。燕赤霞经历了一场又一场的凶险恶斗，令他的剑变得更可怕，他的力量也更强大，甚至自信可以战胜一切；直至那一天，他遇上了聂小倩

年轻的燕赤霞爱上了聂小倩，但他在猎妖师的使命和爱情之间不断摇摆，最终选择放弃聂小倩。为了让聂小倩忘记他，他用师傅传授的“最后的神兵”封印了聂小倩的记忆，神兵从此便留在了聂小倩的体内。

很多年以后，黑山山下的所有河流突然干涸，人们猝然面对干旱的生存危机，为了拯救生计，大家决定组成开山队到黑山上游开垦水源。开山队遇到怪异事件纷纷逃走，只有宁采臣毅然留下。小倩是一只成形不久的狸猫妖，天性俏皮，想超越风头正盛的狐妖，夺得百年树妖的看重，所以自动请缨去对付宁采臣，结果撞上宁采臣妙手制造的奇门机关，吃尽了苦头。

当狐妖出手，宁采臣陷身危险之时，小倩却奋力相救，原来小倩发现自己跟宁采臣竟有一段再生之缘，她就是当年吸食了宁采臣在父亲惨死后的伤心之泪，才得以从狸猫化成人身。这次重遇最终让两人经历一段刻骨铭心的爱情……

夏雪风雷是世上仅存少有的降妖者，携同相依为命的小孙女夏冰前来制止黑山群魔作恶，但他千里而来还有一个目的，就是要将宁采臣赶出黑山！夏雪风雷不能让宁采臣开山，因为他害怕他师父当年佈下的大封印被破坏，给可怕的黑山老妖一个重见天日的逃脱机会，那时候人间便大劫难逃了。小倩和宁采臣相恋，却面临来自千年树妖、夏雪风雷和人间的重重危机。

满腹悲愤的黑山老妖要向人世间报复，誓要杀尽天下有情之人，此时尙存几分意志的宁采臣却要求小倩把握最后的时机，用夏冰手中的降魔杖将自己和企图残害人世的黑山老妖一并毁灭，小倩面临最艰难和残酷的抉择，小倩留下与燕赤霞一起毁灭。