收复玉龙国、打败天地盟主之后,神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长,黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心,元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝),并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援,没想到南宫逸不在家,反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来,玉龙国元首知道了这件事,马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天,一场正邪大战又开始了.....
女娲娘娘为了造福人间,创造出了能够帮助人类的神兽,哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽,将它们污染变为了残暴的魔兽,驱使它们祸害人间,企图就此成为统治世界的霸主。
问天是南宫城城主的儿子,一次偶然之中,他得到了神兽天晶兽,让问天没有想到的是,天晶兽竟然幻化成为了神兵,拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时,问天的妹妹问雅从母亲的血脉里遗传了净化之力,能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽,在兄妹两人无间的配合之下,正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞,于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。