幕后老大辛西娅派人抓公司研究变种人的基因科学家，他搞出来个超级苍蝇还有很多变种小动物。苍蝇打跑雇佣兵，最后一瓶药剂掉入下水道，斯布林特和忍者神龟便诞生了。老鼠养大了神龟并教他们武术，它诡异的外表不背人类接受，也遭遇过人类的蔑视，所以它不让神龟过多接触人类，但长大的神龟好奇的向往人类生活。辛西娅依然派人抢变种液，被苍蝇抢他们的。结识晕镜头的记者艾普丽，帮她抢回电动车，讲述它们的经历，想让她报道让人们接受它们。艾普丽告诉它们她暗地调查的超级苍蝇时间，神龟们要抓苍蝇，艾普丽录视频报道这样他们就会被人类接受。它们抓到坏人去和苍蝇交货，得知它们都是变种生物，被视为伙伴，还有一些苍蝇抚养大的其他小生物。苍蝇被人类打和鄙视，于是他要报复，要将自己的血液做成泥散发到大气层，消灭人类。当晚，神龟和苍蝇们一起去开启装置，路上神龟们反水还是被苍蝇打败，这时辛西娅的人赶到把神龟们抓走。辛西娅要抽神龟的血做变异源。艾普丽给老鼠报信，斯布林特救出神龟。大家一起去找苍蝇，老鼠说服了其他的生物反对苍蝇，苍蝇被打进海里进化成大怪物并开始破坏城市。此时，新闻还报道海龟们是坏人，艾普丽入镜为海龟们正名。海龟们被苍蝇抓在手里，老鼠受伤，此时人类来帮忙，小生物和海龟合作将还原药水放进苍蝇脖子的洞里，大获全胜。小生物们和海龟们一起生活在下水道，神龟们一起去学校上学，过着正常少年的生活。但辛西娅的计划并没有停止。