松果体来源于神经外胚层，位置相当于第三脑室顶部。人胚33~36天时，此处室管膜增厚，即为松果体原基。有时在其前方可发生一个小突，称为副松果体，多在胚胎后期消失，但亦可残留形成为成体的囊肿。2个月时，增厚的松果体原基向外突起，先形成小囊状，以后细胞增殖构成实质性器官，只在其基部保留一小腔，即为隐窝。松果体与间脑相连处形成松果体柄。胚胎5个月时，细胞分化为松果体细胞和神经胶质细胞，细胞逐渐成团、索状排列。6个月时，松果体细胞明显分化，至第8个月时，松果体已近似成年型。出生后，松果体细胞停止增生，但细胞继续增大，神经胶质细胞、间质增多。在胚胎后期及幼年早期，松果体细胞由弱嗜铬性的大细胞和强嗜铬性的小细胞(未成熟型)组成。当细胞成熟时，核出现凹陷或分叶状，有核仁，胞质有嗜铬性细颗粒。电镜显示，胚胎后期松果体细胞已有分泌功能。一般来说，人的松果体细胞无感光功能，不能出现从光感细胞演变为内分泌细胞的几种过渡类型，如有纤毛的原始分泌细型光感细胞、中间型光感-内分泌细胞、完全内分泌细胞。
生理功能：
1.分泌褪黑素，抑制垂体促卵泡激素和黄体生成素的分泌，并分泌多种具有很强的抗促性腺激素作用的肽类激素，从而有效地抑制性腺的活动和两性性征的出现。若松果体受到破坏，则会出现早熟和生殖器官过度发育。
2.分泌低血糖因子，其作用时间比胰岛素长，可达24小时。
3.松果体的活动显示出明显的周期性，一昼夜中褪黑素的分泌量随光照而减少，随黑暗而加多，据研究这可能影响睡眠和醒觉等活动。此外，松果体的活动还呈现月、季、年的周期，科学家们认为松果体可能通过这种方式向中枢神经系统发出“时间信号”，从而影响机体的“生物钟”。