很久以前，数码世界中的人型和兽型数码兽发生了严重冲突，光明兽调停了这次冲突并成为数码世界的统治者，后来他变得残暴，不断虐待他的子民，这时出现了传说中的十斗士，打败并合力封印了光明兽。然而，十斗士消失了并化为斗士之魂，受三大天使掌管。此后数码世界在三大天使的管治下得到和平。

可是有一天，数码世界出现了新的黑暗势力，三大天使之一的智天使兽（基路比兽）受光明兽邪气所感染，很多数码兽被智天使兽传染而变得残暴，不断吞食数码世界的数据。数码世界有十个斗士之魂，归于三大天使的炽天使兽（究极天使兽）、座天使兽（神圣天女兽）和智天使兽，作为三大天使拥有了十个斗士之魂（炎、光、冰、雷、风、土、水、木、钢和暗），后五个斗士之魂变成了邪恶斗士、并四处破坏；现实世界有许多孩子们收到了来自数码世界的求救讯息、踏入数码世界……