当时日本的各藩基本可以分成三种站队，站在九州与中国地区的藩基本都是尊王倒幕为主，像萨长土肥各强藩那就是急先锋了。还有细川的熊本藩，池田的冈山藩，鸟取藩等西国强藩后期也抛弃江户幕府，选择大政奉还了。

而中部近畿地区的藩以观望为多，典型的就是站队狂魔金泽藩的前田氏。百万石的大大名一开始支持幕府，鸟羽伏见之后降服于新政府。还有一个典型就是津藩的藤堂氏，鸟羽伏见和幕府军上了战场，一看形势不对立刻临阵倒戈。当时战场上幕府方的士兵为此非常愤慨，大骂他们是受了初代藩主的熏陶（その行い、藩祖（高虎）に似たり‘）。

而关东包括东北各藩则是支持幕府的较多。但由于鸟羽伏见战役时德川家已经成为朝敌，所以绝大多数支持幕府的藩主也都选择明哲保身，表示恭顺。后来很快江户无血开城，德川家降服。所以这时候绝大多数关东诸藩所想的只是如何保全自己。包括会津藩，当时也向新政府提交了降服的书状，但由于双方在条款上不能达成一致。同时由于会津藩在藩主松平容保担任京都守护职时血腥镇压过倒幕派，在禁门之变中会津还击败过长州藩，所以，新政府在萨长主导下，有意杀鸡儆猴，惩罚会津而震慑别的佐幕或亲近幕府诸藩。此外，由于之前在上野的宇都宫城之战中，残余的幕府军实力尚存，大鸟圭介甚至一度逆袭攻下了政府军掌控的宇都宫城，几乎改变战争结果。因此，为了彻底粉碎本州岛上的佐幕诸藩的作战能力，作为雄藩之一，同时又是佐幕急先锋的会津藩（其实还有桑名藩）势必要被惩处。

由于东北诸藩在之前的战事中多采取支持幕府的立场，此刻看到做为奥州门户的会津面临覆灭的可能，不免有唇亡齿寒之感。于是联名上书请求宽大会津。不过因为一些意外，当时新政府在奥州设置的镇守府总督九条道孝被扣押，参谋世良修藏被仙台藩的藩士刺杀，双方和睦的可能破灭。于是作为旧幕府方的奥羽越列藩推出北白川宫能久王为东武天皇，在白河小峰城会战新政府军，可惜溃败，作为主力的会津士兵败退回会津笼城，一路遭到新政府追击，随着会津藩支藩猪苗代藩被攻陷，会津本城若松城也不得不进行笼城。这段故事就是大家都知道的会津战争，被称为整个壬申义战争中最激烈的战事。会津落城后，奥羽越列藩同盟中许多藩选择退盟，甚至一些藩倒戈（佐竹氏秋田藩）。剩下的像伊达氏仙台藩也被迫降服。列藩同盟于是就解散了。日本本岛战事结束。不过仍有一些支持旧幕府的武士，伙同一些不满新政府的各藩武士，选择北上北海道。在旧幕府大将榎本武扬带领下建立了短命的虾夷共和国。不过这已经是德川家流亡武士团的立场，不能代表幕府各藩的立场了。由于东北诸藩在之前的战事中多采取支持幕府的立场，此刻看到做为奥州门户的会津面临覆灭的可能，不免有唇亡齿寒之感。于是联名上书请求宽大会津。不过因为一些意外，当时新政府在奥州设置的镇守府总督九条道孝被扣押，参谋世良修藏被仙台藩的藩士刺杀，双方和睦的可能破灭。于是作为旧幕府方的奥羽越列藩推出北白川宫能久王（后来病死在台湾那位）为东武天皇，在白河小峰城会战新政府军，可惜溃败，作为主力的会津士兵败退回会津笼城，一路遭到新政府追击，随着会津藩支藩猪苗代藩被攻陷，会津本城若松城也不得不进行笼城。

这段故事就是大家都知道的会津战争，被称为整个壬申义战争中最激烈的战事。会津落城后，奥羽越列藩同盟中许多藩选择退盟，甚至一些藩倒戈（佐竹氏秋田藩）。剩下的像伊达氏仙台藩也被迫降服。列藩同盟于是就解散了。日本本岛战事结束。不过仍有一些支持旧幕府的武士，伙同一些不满新政府的各藩武士，选择北上北海道。在旧幕府大将榎本武扬带领下建立了短命的虾夷共和国。不过这已经是德川家流亡武士团的立场，不能代表幕府各藩的立场了。